La crittografia è un sistema che permette di cifrare i messaggi. Questo vuol dire che se attivi la crittografia e il programma usato dall'altra persona con cui parli supporta il tuo stesso tipo di crittografia, solo tu e il destinatario sarete in grado di leggere i messaggi inviati; neppure chi ha accesso ai server da dove transitano i messaggi, potrà leggerli.
OMEMO è la crittografia più utilizzata su XMPP ma esistono altri protocolli di crittografia per le chat XMPP come ad esempio PGP, OpenPGP ed OX.
Nei gruppi (MUC) privati tenere la crittografia OMEMO attiva, può a volte comportare alcuni problemi (ad esempio lo scambio non riuscito di chiavi tra i vari dispositivi). Più il numero dei dispositivi è alto, maggiore sarà la probabilità di problemi nello scambio di messaggi cifrati tra di essi. Nei gruppi (MUC) pubblici le conversazioni non possono essere criptate e la cosa non avrebbe comunque senso.
Appunti relativi alla crittografia in alcuni client XMPP: In “Conversations”, OMEMO é attivo in maniera predefinita e comunque è sufficiente chiudere il lucchetto in alto su una schermata di chat con qualcuno per attivarlo. In “Gajim” (PC), se la versione é almeno 1.8.0 basta chiudere il lucchetto, altrimenti occorre installare l'estensione (dal menu in alto: Gajim→Estensioni, seleziona OMEMO, clicca sul quadrato in basso per scaricarla e installarla) - versioni di Gajim inferiori alla 1.8.0 andrebbero comunque evitate.